Neben den bekannten Seen prägen auch kleinere Weiher, Tümpel, Gräben und Feuchtstellen den Wasserhaushalt der Gemeinde Schnaitsee. Viele dieser Kleingewässer sind namenlos und liegen abseits der größeren Wege, etwa in Senken, an Waldrändern, in Feuchtwiesen oder im Umfeld landwirtschaftlicher Flächen. Eine belastbare Gesamtzahl liegt öffentlich derzeit nicht vor und sollte über amtliche Geodaten wie BayernAtlas, ATKIS-Basis-DLM oder UmweltAtlas Bayern überprüft werden.

Ökologisch sind gerade diese kleinen Wasserflächen besonders wertvoll. Sie bieten Lebensraum für Amphibien, Libellen, Wasserinsekten, Vögel und zahlreiche Pflanzenarten. Manche Tümpel führen nur zeitweise Wasser, sind aber dennoch wichtige Rückzugs- und Laichräume. Der Schutz, die Pflege und gegebenenfalls die Wiederherstellung solcher Kleingewässer kann deshalb ein wichtiger Beitrag für Artenvielfalt, Wasserrückhalt und ein lebendiges Landschaftsbild in Schnaitsee sein.